La actividad más importante dentro de la economía del municipio de San Carlos y la de mayor fuente de empleo es la explotación agrícola (café, maíz, yuca, fríjol, caña, plátano y frutales), la ganadería, la porcicultura, la avicultura, la explotación maderera, la silvicultura, la piscicultura y la minería. En segundo lugar en importancia, lo constituye el sector terciario, conformado por el comercio y los servicios, localizados en su mayoría en la cabecera urbana, el cual deriva el sustento y fuentes de ingresos. Su importancia está dada por los ingresos que genera para la economía municipal. El sector de transformación de materias primas, se ha desarrollado poco debido a los problemas de capital, de mercado y la falta de vías de comunicación que permitan su comercialización; cabe resaltar que las empresas de generación de energía constituyen en este sector, uno de los más productivos en el Municipio.
La actividad turística, es uno de los sectores más prósperos de desarrollo del municipio, pero que debe ser ecológico y donde se muestre los atractivos naturales y que se involucre a la población de la región y para ello se debe construir una infraestructura que permita una buena atención al turista y el acceso de esta a diferentes sitios naturales, donde el municipio sea la fuente reguladora a través del Plan Local de Turismo.
