Fecha de fundación: 14 de agosto de 1786
Nombre del fundador: Francisco Núñez Pedraza
San Carlos fue descubierto en los días de la conquista por el capitán Francisco Núñez Pedroso, a quien el Visitador Miguel Díaz de Armendáriz concedió permiso para colonizar y erigir poblados entre el río Magdalena y la cordillera central. El lugar donde hoy está situado San Carlos, era el territorio del Cacique Punchiná; en aquella época le denominaron Valle del Corpus Christi, por haber llegado acá los soldados, la víspera de dicha festividad.
Regresaron entonces los enviados hasta el Valle del Samaná, donde se encontraba francisco Núñez Pedroso y le informaron de la amplitud y la belleza del paisaje del valle recién encontrado, de la abundancia y limpidez de sus aguas, también de la enorme cantidad de pepitas de oro que ocultaban las arenas en sus arroyos; fue entonces, cuando el capitán Núñez Pedroso tuvo el proyecto de sentar en el hermosísimo valle del Corpus Christi, las bases de una ciudad, como punto de escala para sus futuras expediciones. En consecuencia, ordenó a sus expedicionarios regresar allí; los aborígenes al darse cuenta de la presencia de intrusos, prendían fuego a sus viviendas y huían hacia los montes.
Cuentan los historiadores que el valle de San Carlos de Priego, como originalmente se le nombró, lo habitaron tribus indígenas pertenecientes a la familia de los Tahamies que se distinguían por su cuidadoso trabajo en la alfarería y en la fabricación de artículos de oro. Los ricos yacimientos de oro existentes fueron focos de atención poderosos para los españoles que se apresuraron a invadir esta región. Según el historiador Duque Betancur en este territorio fue fundada la población de Remedios en 1562. Por diversas circunstancias, esta fue sometida a una serie de traslados hasta ubicarla en el sitio que hoy ocupa. Según el historiador Manuel Uribe Ángel, el Valle del Corpus Christi, es el actual Valle de San Carlos. Recibió diversas denominaciones: Valle del Corpus Christi, Nuestra Señora de los Remedios, Santa María de Águeda, San Carlos de Priego. Nuestra Señora de los Remedios fue fundada en 1560 por Francisco Martínez. Antes de la fundación de San Carlos De Priego, existió hacia finales del siglo XVII una población llamada Santa María De Águeda, la cual aunque se desconocen las razones, fue incendiada por María del Pardo, quien recorrió la población en compañía de sus capataces y esclavos y luego ordenó prenderle fuego.
La nueva población San Carlos de Priego fue fundada el 14 de Agosto de 1786, se denominó así por dos motivos: en reconocimiento a su majestad Carlos III y la denominación de Priego para recordar un pueblito de la provincia española de Córdoba, de donde se dice que era el Virrey Antonio Caballero y Góngora. Su fundador el señor Francisco Lorenzo de Rivera, solicitó permiso para el establecimiento de le nueva población, a quien en esa época desempeñaba el cargo de Arzobispo Virrey Don Antonio Caballero y Góngora, quien acogió la solicitud favorablemente. La población fue bautizada con el nombre de San Carlos de Priego según el informe rendido al rey de España, por el entonces visitador de la provincia de Antioquia Don Antonio Mon y Velarde. La Iglesia de San Carlos de Borromeo Es el templo principal del municipio. Fue levantada entre 1930 y 1940, dentro del lento desarrollo que tuvo San Carlos. Está ubicada en el parque principal, y es donde acude la mayoría de personas a las diferentes celebraciones religiosas. Es de estilo republicano, conformada por tres naves. La central lleva en el frontis el reloj y el campanario además de que es la entrada principal. Las otras dos naves contienen las urnas de diferentes santos y las bancas para los feligreses. Al interior es de mayor altura, y está separada por arcadas de medio punto y columnas circulares con decoración de capiteles de estilo cónico. Su altar es muy sencillo. Solo cuenta con las imágenes de Nuestra Señora de Los Dolores y San Carlos Borromeo.